Cet Institut, rattaché à l’Assistance Publique-Hôpitaux de Marseille (AP-HM) a été a été créé en 1945 à l’initiative de Monsieur le Professeur Paul GIRAUD qui en avait confié la direction à Madame le Docteur Françoise DESANTI, afin de répondre aux besoins urgents : lutter contre la mortalité infantile, développer la prévention et l’éducation.
L’école a ouvert avec une seule filière de formation, les auxiliaires de puériculture, puis trois ans plus tard en 1948, une deuxième filière, les puéricultrices.

L’École a gardé un statut privé de 1945 à 1971, mais toujours avec l’appui de l’Assistance Publique Hôpitaux de Marseille :

Depuis le 1er Janvier 1972, l’école est intégrée au sein de l’administration de l’APHM.
 
En 60 ans, l’école  de puériculture a connu de nombreux sites comme l’Hôpital de la TIMONE, l’Hôpital de la Conception, la maternité de la Belle de Mai, la rue Virgile Marron ou encore l’Hôpital de l’Hôtel-Dieu.

Depuis octobre 2006, l’IFAP s’est installé dans les locaux rénovés et modernisés l’Institut Régional de Formations Spécialisées en Santé (I.R.F.S.S.) dans l’ancien Hôpital Houphouët BOIGNY.