La Direction Générale a pour missions la stratégie, le pilotage et le contrôle, l'expertise et l'appui, ainsi que le développement des ressources humaines de l'AP-HM. 

Elle conserve les missions de gestion nécessitant un suivi centralisé du fait de leur nature ou de leur caractère réglementaire (par exemple les commissions administratives paritaires).

Le pilotage de l’institution est assuré, sous l’autorité du Directeur Général, par un comité de direction resserré.

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